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[실시간뉴스]대법, 특허료 과세 판례 바꿨다…"수십조원 세수효과"(종합)

온카뱅크관리자

2025-09-18 17:07:56

<div id="layerTranslateNotice" style="display:none;"></div> 대법 전합 선고…국내 미등록 특허 사용료 사건 지난 30여년간 미국 특허기업 승소 판례 뒤집혀 전합 "특허기술 실질 사용 여부가 새 과세 기준" 국세청 "현재 불복 중 세액만 4조원 넘는 규모" 
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 [이데일리 성주원 김미영 기자] 대법원이 30여년간 이어진 미국 특허 사용료 과세 논란에 마침표를 찍었다. 미국에만 등록된 특허라도 그 특허기술을 국내에서 실제 사용하면 외국법인이 받는 사용료에 대해 국내 과세가 가능하다고 판단한 것이다.
 다른 외국 기업과 달리 미국 특허기업에만 일관되게 국내 과세권을 인정하지 않아 왔던 대법원은 이번 전원합의체 판결을 통해 종전 판례를 변경했다. 판례 변경이 되지 않았다면 최소 4조원의 세금이 해외로 빠져나가는 상황이었다. 장기적으로는 수십조원의 세수효과로 이어질 것이라는 계산이 나온다.
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 <img alt="조희대 대법원장을 비롯한 대법관들이 18일 서울 서초구 대법원에서 열린 전원합의체에서 자리하고 있다. (사진=연합뉴스)" class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202509/18/Edaily/20250918165749997tavt.jpg" data-org-width="670" dmcf-mid="FlNhYSlomO" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img3.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202509/18/Edaily/20250918165749997tavt.jpg" width="658">
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 조희대 대법원장을 비롯한 대법관들이 18일 서울 서초구 대법원에서 열린 전원합의체에서 자리하고 있다. (사진=연합뉴스)
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 전합 “특허기술 실질 사용이 과세 기준”
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 대법원 전원합의체(재판장 대법원장 조희대, 주심 권영준 대법관)는 18일 SK하이닉스가 이천세무서장을 상대로 낸 경정거부처분 취소 소송에서 “국내 미등록 특허권 사용료가 국내원천소득에 해당하지 않는다고 본 원심판결을 파기환송한다”고 선고했다. 대법원 전원합의체는 “한미조세협약상 ‘특허의 사용’은 특허권 자체가 아니라 특허기술을 사용한다는 의미”라고 핵심 판단 근거를 제시했다. 이어 “특허기술의 사용은 특허가 등록된 국가가 어디인지와 관계없이 어디서든 이뤄질 수 있다”고 강조했다.
 반도체 회사인 SK하이닉스는 2011년 미국 회사로부터 특허 침해 소송을 당했다. 2013년 화해하면서 매년 160만 달러의 특허 사용료를 내기로 했다. SK하이닉스는 이에 따라 세금 3억원을 냈다. 그런데 SK하이닉스는 “이 특허가 한국에 등록되지 않았으니 한국에서 세금을 낼 이유가 없다”며 세금 환급을 요구했다. 세무서가 거부하면서 법정 다툼이 시작됐다.
 1심과 2심은 SK하이닉스 손을 들어줬다. “특허는 등록된 나라에서만 효력이 있다”는 원칙을 적용한 것이다. 미국에만 등록된 특허는 한국에서 사용할 수 없으니 세금도 낼 필요가 없다고 본 것이다.
 그러나 대법원 전원합의체의 판단은 달랐다. 대법관 다수의견(10인)으로 “특허 사용이란 특허권 자체가 아니라 특허 기술을 쓰는 것”이라고 판단하고 종전 판례를 변경했다. 대법원은 “특허 기술은 어느 나라에 등록됐는지와 상관없이 어디서든 사용할 수 있다”고 설명했다. 따라서 미국 특허 기술을 한국에서 사용해 제품을 만들면 그 사용료에 대해 한국이 세금을 걷을 수 있다는 것이다. 반면 노태악·이흥구·이숙연 대법관은 반대의견을 통해 “특허권 속지주의 원칙상 ‘특허의 사용’은 해당 특허권이 등록된 국가 내에서만 이뤄질 수 있다”고 지적했다.
 국세청 “수십조원 세수 효과 기대”
 대법원은 그동안 한미조세협약상 ‘특허의 사용’이 해당 특허권이 미치는 국가 영역 내에서 이뤄지는 특허발명의 실시만을 의미한다는 전제에서 국내 미등록 특허권의 경우 국내에서 사용 자체를 상정할 수 없다고 봐왔다.
 하지만 이번 판결은 라이선스 대상 특허의 등록지와 관계없이 해당 특허의 특허기술을 국내에서 제조·판매 등에 실제 사용했다면 이는 특허의 국내 사용에 해당한다고 판단한 것이다. 따라서 미국 회사가 그에 관해 지급받은 사용료는 국내원천소득으로서 국내 과세권이 미칠 수 있다는 새로운 기준을 제시했다.
 이번 판결은 삼성전자(005930)·SK하이닉스(000660) 등 반도체 대기업들이 매년 외국 기업에 지급하는 천문학적 특허 사용료 분쟁 해결의 전환점이 될 것으로 보인다. 정부는 그동안 2008년과 2019년 법인세법을 개정해 과세 근거를 마련해왔지만 대법원의 소극적 해석으로 과세권을 확보하지 못했다. 
 이제 미국 특허기업들의 사용료 소득에 대한 원천징수가 가능해져 대규모 세수 증대 효과와 함께 국부 유출 방지 효과도 기대된다. 다만 이 사건은 파기환송된 만큼 하급심에서 구체적인 특허기술의 국내 사용 여부에 대한 재심리가 이뤄질 예정이다.
 국세청 관계자는 “현재 진행 중인 불복 등의 세액만 추산해도 4조원을 넘어서는 규모인데 판례 변경이 되지 않았다면 모두 국외로 지급돼야 할 세금”이라며 “우리 기업들의 특허 사용료 지급은 현재 불복 중인 사업연도 이후에도 계속되기 때문에 장기적으로는 수십조원의 세수효과가 발생할 것이라고 볼 수 있다”고 설명했다.
 국세청은 국내 원천지국 과세권 행사가 정당하다는 대법원의 판단을 받기 위해 국제조세 전문가, 지식재산권 전문 변호사 등 맞춤형 소송대리인을 선임하고 내부 변호사, 소송수행자 등과 함께 대응 논리를 보완하고 증거자료를 수집하는 등 오랜 기간 노력해왔다. 임광현 국세청장은 “국부유출을 방지하고 정부의 정책 추진에 밑바탕이 되는 국가 재원 마련을 위해 정당한 과세 처분을 끝까지 유지하고 국내 과세권을 지키기 위한 노력을 계속해 나가겠다”고 말했다.
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 <img alt="서울 서초구 대법원. (사진= 방인권 기자)" class="thumb_g_article" data-org-src="https://t1.daumcdn.net/news/202509/18/Edaily/20250918165751755gmtp.jpg" data-org-width="670" dmcf-mid="3h9fM841Es" dmcf-mtype="image" height="auto" src="https://img4.daumcdn.net/thumb/R658x0.q70/?fname=https://t1.daumcdn.net/news/202509/18/Edaily/20250918165751755gmtp.jpg" width="658">
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 서울 서초구 대법원. (사진= 방인권 기자)
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 성주원 (sjw1@edaily.co.kr) 
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